Peter Parker (Tobey Maguire) lämnar sin identitet som Spider-Man bakom sig i ett desperat försök att leva ett normalt liv och få MJ (Kirsten Dunst) att stanna hos honom. Men när den hänsynslösa skurken Doc Ock dyker upp tvingas Peter återigen ut på en skör tråd för att rädda alla som står honom nära.