Flera år efter den förra Yu-Gi-Oh!-serien, äger GX rum på en Duellakademi där pennor och böcker är ersatta av dueller och kort. Det är här framtidens duellanter och mästare tränas i det berömda kortspelet. Studenterna är indelade i tre avdelningar, beroende på deras rang och duellskicklighet. De bästa är i den blå avdelningen, de medelmåttiga i den gula och nybörjarna är placerade i den röda. Unge Jaden Yuki drömmer om att bli en duellmästare när han kommer till skolan, men det är en tuff väg att gå!
DUELLJÄTTEN:
En enorm duelljätte har setts på skolområdet, och Dr Crowler övertalar Jaden att leta upp honom och möta honom i en duell. Men när Jaden får tag i den mystiska jätten måste han vinna för att inte själv bli nästa offer.
DRAG I NATUREN:
Någon stjäl äggmackor, så Jaden och gänget sätter sig på vakt för att fånga gärningsmannen. Men när tjuven visar sig vara en före detta student som nu bor i naturen drar en vild duell igång.
EN BLEK KOPIA - DEL ETT:
En kopierande duellist stjäl Yugi Mutos lek och maner och Jaden måste duellera mot honom för att vinna leken tillbaka.
EN BLEK KOPIA - DEL TVÅ:
Jaden fortsätter sin duell mot den kopierande duellisten, och gör sitt bästa för att vinna över den legendariska och kraftfulla lek som en gång användes av ”The King of Games”.