Amiral James T. Kirk är ute på en rutinövning och verkar ha funnit sig i att det kan bli hans sista rymduppdrag. Men Khan är tillbaka för att hämnas. Med ett gäng fördrivna genetiskt överlägsna män har Khan, en slug förrädare från 1900-talets Jorden, plundrat rymdstationen Regula One, stulit det topphemliga Project Genesis och tagit kontrollen över ett av federationens rymdskepp. Nu planerar han att gillra en dödlig fälla för sin ärkefende Kirk – vilket kan leda till universums undergång!