Flera år efter den förra Yu-Gi-Oh!-serien, äger GX rum på en Duellakademi där pennor och böcker är ersatta av dueller och kort. Det är här framtidens duellanter och mästare tränas i det berömda kortspelet.
Studenterna är indelade i 3 avdelningar, beroende på deras rang och duellskicklighet. De bästa är i den blå avdelningen, de medelmåttiga i den gula och nybörjarna är placerade i den röda. Unge Jaden Yuki drömmer om att bli en duellmästare när han kommer till skolan, men det är en tuff väg att gå!
DUBBELUTMANINGEN - DEL 1
Dubbelduellen som ska avgöra Jaden och Syrus framtid på Duellakademin börjar, och de får riktigt tufft motstånd.
DUBBELUTMANINGEN - DEL 2
I den viktiga dubbelduellen mot Paradox-bröderna måste Syrus komma över problemen med sin äldre bror för att kunna vinna matchen.
FRAMGÅNGSFORMELN
Dr Crowler väljer ut Bastion som sin nya skyddsling, men först måste Bastion slå Chazz i en duell för att bevisa att han har vad som krävs.