Flera år efter den förra Yu-Gi-Oh!-serien, äger GX rum på en Duellakademi där pennor och böcker är ersatta av dueller och kort. Det är här framtidens duellanter och mästare tränas i det berömda kortspelet. Studenterna är indelade i 3 avdelningar, beroende på deras rang och duellskicklighet. De bästa är i den blå avdelningen, de medelmåttiga i den gula och nybörjarna är placerade i den röda. Unge Jaden Yuki drömmer om att bli en duellmästare när han kommer till skolan, men det är en tuff väg att gå!
CHUMLEY - EN RIKTIG KLIPPA:
När Chumley får ett erbjudande om att designa kort på Industrial Illusions måste han först slå Dr Crowler i en duell för att vinna hans tillåtelse.
EXAMENSMATCHEN - DEL ETT:
Zane väljer Jaden som motståndare i den prestigefyllda examensmatchen vilket ger Jaden en chans till revansch för hans tidigare förlust.
EXAMENSMATCHEN - DEL TVÅ:
Zane och Jaden duellerar vidare i skolårets sista duell. Det är nu det ska avgöras vem som verkligen är den bästa duellanten på skolan.