Flera år efter den förra Yu-Gi-Oh!-serien, äger GX rum på en Duellakademi där pennor och böcker är ersatta av dueller och kort. Det är här framtidens duellanter och mästare tränas i det berömda kortspelet. Studenterna är indelade i 3 avdelningar, beroende på deras rang och duellskicklighet. De bästa är i den blå avdelningen, de medelmåttiga i den gula och nybörjarna är placerade i den röda. Unge Jaden Yuki drömmer om att bli en duellmästare när han kommer till skolan, men det är en tuff väg att gå!
ETT VINNANDE SKÄL:
Titan övertalar Alexis att duellera mot honom genom att lova att om hon vinner får hennes bror Atticus alla sina minnen tillbaka. Men om hon förlorar är det hon som behöver räddas!
DUELLMONSTERANDARNAS DAG:
Det är Duellmonsterandarnas dag på Duellakademin. Men alla förklädnader gör allt lite snurrigt, vem är egentligen utklädd och vem är på riktigt?
VILDA HJÄRTAN:
En mystisk Spelare dyker upp på Duellakademin och han vill bestämt duellera mot Alexis för att visa sina färdigheter och sin… kärlek?