Flera år efter den förra Yu-Gi-Oh!-serien, äger GX rum på en Duellakademi där pennor och böcker är ersatta av dueller och kort. Det är här framtidens duellanter och mästare tränas i det berömda kortspelet. Studenterna är indelade i 3 avdelningar, beroende på deras rang och duellskicklighet. De bästa är i den blå avdelningen, de medelmåttiga i den gula och nybörjarna är placerade i den röda. Unge Jaden Yuki drömmer om att bli en duellmästare när han kommer till skolan, men det är en tuff väg att gå!
EN FRÅGA OM SKRÄCK:
Jaden och gänget blir fast i en konstig andevärld där en duellist som är väldigt lik Kaiba tvingar Jaden att våga möta sin största rädsla för att lära sig vinna över den.
BRODER MOT BRODER:
Chazz bröder har kommit tillbaka till Duellakademin för hämnd och tvingar Chazz att duellera mot dem. Om han förlorar riskerar hela Duellakademin att förstöras.
EN DISTRAHERANDE DUELL - DEL ETT:
Den tredje skuggryttaren anländer och hon använder alla sina feminina sidor för att distrahera Bastion och vinna duellen.
EN DISTRAHERANDE DUELL - DEL TVÅ:
Jaden måste duellera mot Tania för att väcka Bastion från sin förälskelse och förhindra att Skuggryttarna vinner ytterligare en andenyckel.