Flera år efter den förra Yu-Gi-Oh!-serien, äger GX rum på en Duellakademi där pennor och böcker är ersatta av dueller och kort. Det är här framtidens duellanter och mästare tränas i det berömda kortspelet.
Studenterna är indelade i 3 avdelningar, beroende på deras rang och duellskicklighet. De bästa är i den blå avdelningen, de medelmåttiga i den gula och nybörjarna är placerade i den röda. Unge Jaden Yuki drömmer om att bli en duellmästare när han kommer till skolan, men det är en tuff väg att gå!
SPELETS KUNG
När Jaden blir försenad till antagningsprovet för Duellakademin behöver han gå över och förbi förväntningarna för att bevisa att han hör hemma där.
VÄLKOMNA TILL DUELLAKADEMIN
De nya eleverna välkomnas till Duellakademin men Jaden får ett mindre varmt välkomnande av Chazz som utmanar honom på duell.
EN KÄR DUELL
När Syrus av misstag snubblar in i flickornas sovsal sätter han sig själv och Jaden i fara för att bli utslängda och Jaden får duellera för deras frihet.