Tio år efter de stora Unicron-striderna har Autobots och Decepticons, som står utan ledare, bildat en skör allians. När Energon - den sällsynta och kraftfulla substans som Transformers kämpat om i evigheter - upptäcks på jorden återvänder mystiska krafter för att till varje pris ta kontrollen över Energon. Det är bara en elittrupp med Autobots, de tappra "förklädda robotarna", som kan rädda planeten från fullständig ödeläggelse.
Cybertron stad
De mystiska Terrorcons har sänts ut för att erövra Energon, och nu angriper de Cybertron stad på jorden. Optimus Prime och hans Autobots ger sig ut för att försvara planeten mot detta nya och farliga hot!
Energon-stjärnor
Hotet från Terrorcons gör att inget annat återstår för Optimus än att evakuera alla mänskliga invånare i CyberCity på jorden. Efter ett antal mindre sammandrabbningar på satellitbasen på månen flyr Terrorcons in genom ett maskhål. Slaget har gått hårt åt Autobotshjältarna och Optimus undrar fortfarande vem hans fiende egentligen är!
Scorponok
En ny fiende har gjort entré - den ondskefulle Scorponok. Han återupplivar Tidal Wave och övertygar honom om att attackera Desert City, där Transformers utvinner stora mängder Energon.
Megatrons svärd
När Scorponok beordras att angripa jorden, övervinns Autobots snart av både Terrorcons och av kraften från Scorponoks Stjärnsabel. Autobots vänder sig till Omnicons för att få övertaget i denna farliga situation.