Säsong tre kastar klonsysterskapet in på ett oväntat territorium med insikten av att de inte är ensamma. Precis när de trodde att de kände sina fiender och allierade, avslöjas våra kloner vara mer sårbara än någonsin tidigare. Välutbildade, identiska manliga soldater ger upphov till fler frågor än svar. Vilka är de nya klonerna? Vem skapade dem? Och ännu viktigare, varför finns de? Sarah, Cosima, Alison och Helena är starkare tillsammans än de är ifrån varandra, men den här säsongen kommer att sätta deras starka band på prov.