Examen fortsätter för de unga ninjorna. Naruto, Sasuke och Sakura står nu inför den hittills tuffaste utmaningen. Djupt inne i Dödens skog möts de i våldsamma kamper mot rivaliserande ninjor, och alla är ute efter att få tag på Jordens och Himlens skrifter. Det är allt annat än en lätt uppgift som inte blir enklare av att en mörk och obehaglig kraft lurar i kulisserna. Ondskan har vaknat ur sitt ide, och är ute efter Sasuke.