Filmen handlar om Hanada, aka ”No. 3 Killer”, den tredje bästa torpeden inom Japans organiserade brottslighet. Nära toppen av hans karriär vänder hans tur när han möter Misako, en mystisk kvinna besatt av döden som ger honom ett ovanligt svårt uppdrag. I ett berömt ögonblick som vittnar om filmens excentriska känsla så landar en fjäril på vapnets sikte i samma ögonblick som han trycker av, vilket får honom att missa skottet. Detta misslyckande gör att mördaren blir måltavlan, och han måste fly för livet från sina tidigare arbetsgivare och den mystiska ”No. 1 Killer”.
Även fast filmen innehåller några spektakulära actionscener så är berättelsen inte lika mycket en spänningsthriller som en surrealistisk, psykosexuell mardröm, fylld av groteska bilder och konstiga detaljer – från Hanadas fetisch för lukten av kokt ris till Misako som har dekorerat backspegeln med kroppen från en död fågel.