Bröderna Edward och Alphone Elric är välskolade i alkemistkonsten, men när de försöker återskapa sin döda mor går allt snett. En alkemisk reaktion tvingar Edward att placera sin kroppsligt demolerade bror i en konstgjord pansarrustning, tills han kan finna ett sätt att återställa honom. Fyra år senare är samhället genomsyrat av statlig kontroll. Rebellerna har krossats och diktaturen vill komma åt klenoden som sägs ge total makt åt ägaren. En ensam alkemist i hopp om att förändra det förflutna söker efter samma sak. Men makt går hand i hand med död... Vem ska finna Vishetens sten?