Rokuro Okajima är en av tusentals anställda på ett stort företag. Tillvaron är meningslös tills den dag han ombeds leverera viktig information i södra Asien. Han kidnappas av pirater på skeppet ”Black Lagoon” och när bolaget struntar i honom lämnar han sitt trista liv bakom sig och blir själv pirat. Detta är upptakten till ett animéäventyr fyllt av stilren, stenhård action där besättningen ständigt riskerar livet bland nynazistiska skattletare och iskalla maffiasyndikat!