Genom att använda sig av en farlig och obeprövad metod för att resa i tiden färdas en man, James Cole, (Aaron Stanford, X-Men: The Last Stand) från en postapokalyptisk framtid till nutiden med uppdraget att hitta och eliminera källan till en dödlig epidemi som kommer att decimera människosläktet. Men när han och virusforskaren Dr. Cassandra Railly (Amanda Schull, Suits) spårar den mystiska sekten som ligger bakom epidemins utbrott, ”De 12 apornas armé”, är konsekvenserna av tidsresan nära att förgöra mänsklighetens sista hopp.