År 2131. Olympus har byggts på askan av det tredje världskriget. Där lever människosläktets sista hopp i symbios med en genetiskt framställd art – Bioroider. Bioroidernas syfte är att hålla Olympus fredligt så att människorna inte förgör sig själva.
Freden hotas av terrorister inom militären. Deunan och hennes förre pojkvän Briareos har i uppdrag att tillsammans med ESWAT försvara huvuddatorn som styr Bioroiderna och finna koden till ”Appleseed”. Bioroidernas livgivare.
Ett uppdrag vars lösning bara Deunan bär på.