Togusa ligger på sjukhus efter att ha blivit skjuten, men försöker förmedla det han upptäckt till resten av gruppen. Andra hemliga grupper har upptäckt att Sektion 9 undersöker dem och är fast beslutna att stoppa dem.
Major Kusanagi försöker att reparera sin protetiska kropp, som blivit sårad i strid med regeringens nyaste prototypvapen. Hon upptäcker att någon förföljer henne, men Aramaki förstår att sammansvärjningen går djupare än han kunnat föreställa sig. Under tiden dyker cyber-terroristen "Den Skrattande Mannen" upp och kidnappar vd:n för Serano Genomics, precis som han gjorde sex år tidigare. Ska historien upprepa sig? Det sensationella slutet av äventyret om "Den Skrattande Mannen" börjar här.